这两项是不矛盾的。

企业履行国家规定的纳税义务，对其经营所得依法缴纳各种税费。这些应缴税费应按照权责发生制原则进行确认、计提，一般纳税人下月申报上月应交税费，小规模纳税人的增值税和附加是一个季度申缴一次，企业所得税实行季度预缴、年度汇算清缴（下年5月31日前完成），其他税种都有规定的纳税期限。

税款既然按权责发生制计提，在尚未缴纳之前暂时留在企业，形成一项负债（应该上缴国家暂未上缴国家的税费）。企业应通过“应交税费”科目，总括反映各种税费的缴纳情况，并按照应交税费项目进行明细核算。一个企业要是没有应交税费的余额，要么财务核算错误，要么处于停业状态。

年度审计报告中列明的应交税款余额是一个企业年底经审计后的应交增值税、消费税、企业所得税、城建税、房产税、土地增值税、城市土地使用税等税款余额。完整的审计报告至少有两处会体现这个余额，一是资产负债报表页会显示汇总数，再一处是附注之中会列明明细。

而企业纳税证明反应的是企业在该年度实际向税局缴纳的各项税款，比如纳税证明是2017年1月1日至12月31日期间的，这张表上显示的数据包括这个企业缴交2016年底计提的税费，不包括企业2017年底计提的应交税费（包括可以在2018年5月31日汇算清缴的企业所得税）。只要企业在2017年按时申报了登记的税种的税款，纳税证明就会显示欠缴税款为0。

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