原始凭证是企业财务管理的基石，其审核的合规性直接关系到企业的财务健康。如果发现原始凭证审核不合规，应该采取以下措施来处理：

1. 立即停止使用不合规凭证

一旦发现原始凭证审核不合规，首先应立即停止使用该凭证进行会计处理。这可以避免不合规的财务数据被进一步传播和影响财务报表的准确性。

2. 调查原因

对于不合规的原始凭证，需要调查其产生的原因。可能是审核人员疏忽、凭证填写不规范、信息系统错误等。了解原因有助于找到解决问题的方法。

3. 重新审核或补正

针对不合规的凭证，应重新进行审核。如果是因为填写错误，应当要求填写人进行补正。如果是审核人员疏忽，则应进行再次审核。

4. 更正会计分录

如果原始凭证不合规导致了错误的会计分录，必须按照正确的会计准则进行更正。这可能包括调整分录、重新记账等。

5. 记录处理过程

对于不合规凭证的处理过程，应当详细记录，包括发现的时间、原因、处理措施等。这有助于后续的审计和内部监督。

6. 培训与改进

针对审核过程中发现的问题，应当对相关人员开展培训，提高其业务能力和审核水平。同时，对财务流程进行审查，找出潜在的风险点，进行改进。

7. 通知相关责任人员

对于因个人原因导致原始凭证审核不合规的情况，应当通知相关责任人员，并按照企业内部规定进行处理。

8. 内部审计与外部审计

为了确保问题的彻底解决，可以考虑进行内部审计或邀请外部审计机构进行审计，以确认问题的处理效果。

总之，面对原始凭证审核不合规的情况，企业应迅速反应，查明原因，采取措施予以纠正，并从中吸取教训，防止类似问题再次发生。

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