转让土地使用权没土地原价发票的，会有在计算各项税收时，无法扣除的风险，主要涉及如下税种：
1.营业税
根据2003年1月15日财政部、国家税务总局下发的《关于营业税若干政策问题的通知》(财税[2003]16号)第三条第二十款之规定，单位和个人受让的土地使用权，以转让土地使用权取得的全部收入减去土地使用权的购置或受让原价后的余额为营业额，按照5%的税率征收营业税。
如无受让土地原价发票，则无法差额纳税，按全额纳税
2. 城市维护建设税、教育费附加、地方教育费附加
以上述营业税额为计税依据，分别按各自税率分别缴纳
3.土地增值税
根据《土地增值税暂行条例》规定，转让国有土地使用权的行为，以转让土地使用权取得的全部收入减去法定的扣除额后的余额为土地增值额，按照累进税率征收土地增值税。 法定的扣除额 (一)取得土地使用权所支付的金额：以转让方式取得土地使用权的，为支付的地价款（如无土地原价发票，则有无法扣除的风险）。 (二)与转让土地使用权相关的税金 指在转让土地使用权时缴纳的营业税及附加、印花税也可视同税金扣除。
4.企业所得税
按新企业所得税法规定，以转让土地使用权取得的全部收入减去土地使用权的购置或受让原价（如无土地原价发票，则有无法扣除的风险）、营业税及附加和土地增值税后的余额为应纳税所得额，并入转让当年企业会计利润中一并计算缴纳，按照25%的税率征收企业所得税。
5.印花税
根据《中华人民共和国印花税暂行条例》的规定，土地使用权转让合同属于产权转移书据，以合用中的金额为计税依据，按5‰的税率征收印花税。

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