1、应交税费业务控制制度审计；
2、应交税费业务处理流程审计；
3、应交税费会计信息审计。
关键的应交税费审计的程序主要有：
（1）获取或编制应交税费明细表，复核其加计数是否正确，并核对其期末余额与报表数、总账数和明细分类账合计是否相符。要注意印花税、房产税、耕地占用税等是否计入应交税费项目。
（2）核对期初未交税费与税务机关的认定数是否一致，如有差异，应查明原因并做出记录，提请被审计单位进行适当调整。
（3）向被审计单位索要并审阅纳税申报资料、纳税鉴定或纳税通知及征、免、减税的批准文件和税务机关汇算清缴确认文件，检查被审计单位的会计处理是否符合国家财税法规之规定。
（4）要结合长期投资、固定资产、在建工程、营业外支出、其他业务收入、营业税费及附加等科目的审计，来发现没有记录的应交税费。

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