货代公司应缴纳营业税，税率5%，以营业收入扣除支付给营运单位的运费或者其他货代公司的代理费为计税依据缴纳，附加税有城建税、教育费附加等，依据营业税的一定比例缴纳。此外，还可能涉及到个人所得税，印花税，所得税(税率25%)等。

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