企业所得税汇算清缴申报了两次，第一次申报没有扣款，第二次申报时，按第二次申报扣款。企业所得税已经缴纳，没有什么问题。如果不放心可以与税务官取得联系即可。 汇算清缴是指纳税人在纳税年度终了后规定时期内，依照税收法律、法规、规章及其他有关企业所得税的规定，自行计算全年应纳税所得额和应纳所得税额，根据月度或季度预缴的所得税数额，确定该年度应补或者应退税额，并填写年度企业所得税纳税申报表，向主管税务机关办理年度企业所得税纳税申报、提供税务机关要求提供的有关资料、结清全年企业所得税税款的行为。

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