企业代扣个人所得税的申报流程是在发工资之前，由企业核对员工的实发工资，月初的时候在网上做综合申报，具体就是要做好个税的申报明细表，申报成功以后税务机关依法扣税。企业发工资时，应该标注清楚依法扣缴的个人所得税的具体数额。
具体操作：
1、发工资前，计算员工实发金额及税金；
2、月初时，根据税金信息在地税网上做综合申报；
3、完成申报后，打印缴款书(去银行缴款)；
4、做个税的明细申报；
5、检查明细申报是否成功(总金额是否与缴款金额相符)。

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