首先，象你这种情况在全国各地比较普遍，但大多数人会钻税收政策的空子，由公司（总机构）纳税，那么象你所说的情况：
第一，你不能算代理商，对税务部门也只能是××粮油销售公司的办事处，你作为办事处人员，但你的情况又有些不同，票虽然是公司开，公司给了你一定的利润，收款也是你，如果属于新修订的《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则规定的办事处，它是以办事处不开票、不收款为标志，两个条件同时具备，否则只能定性你为销售商，在当地缴纳增值税；
第二，从2009年1月1日起，小规模纳税人的征收率改为3%，不是4%，你当地主管国税部门按照4%征收增值税是错误的。

其次，如果你办理了个体工商营业执照，税务部门向你征税没有错，至于怎么征必须按照《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则规定来办理，不可能有随意性。

第三，建议你按照《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则规定，不需办理营业执照，成立××粮油销售公司的办事处，票由××粮油销售公司开出，货款也直接汇给××粮油销售公司，到年底再由××粮油销售公司返还你的利润及费用。

补充：你这种解释是没有用的，再说这位负责人也不见得对新修订的《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则有最起码的理解，不然不会出现现在仍然按照4%的征收率征税。其二，如果你办理了营业执照，尽管公司开了发票，按照条例规定，货物从一个机构转到另外一个机构（总机构与分支机构在同一县市的除外），只是从生产环节到销售环节，也就是说，××粮油销售公司虽然是对终端商家开发票，但经过你出去的，也就是说多了你这个环节，因此，建议你按照上面的第三点来操作。

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