第一、主持单位不同，财务大检查是以财政部门为主，审计部门可以参与配合；财务审计是审计部门独立进行。第二、执行时间不同，财务大检查以往是一年一次，财务审计可以根据需要的时间段（年、季、月甚至几年、几天）进行。第三、财务大检查是年度财务情况为对象，而财务审计可以年度、任期、专题等不同对象进行审计。第四、形成的报告内容、格式主送单位不同。

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