1.重大错报风险
(1)电子化会计数据存在被滥用、篡改和丢失的可能性。在网络环境下，一旦用户非法透过计算机系统的“防火墙”，极易破坏和修改电子数据，且不留蛛丝马迹；计算机病毒、电源障、操作失误、程序处理错误和网络传输故障也会造成实际数据与电子帐面数据不相符。另外，网络传输和数据存贮故障或软件的不完善，可能会使会计数据出现异常错误，虽然从多数会计软件看，对数据录入的一致性和正确性控制，以及会计数据处理的安全性和连续性控制，软件设计还是比较慎密的。但对集成化程度较高的企业级管理软件，数据的共享性和一致性还不尽人意。
(2)电子数据存在易于减少或消失审计线索的可能性。在网络环境下，从原始数据的录入到报表的自动生成，几乎勿需人工干预，传统的审计线索不复存在，为审计师追查审计线索带来了极大困难。
(3)财务软件的有效控制有限，存在错漏及不一致的可能性。计算机系统下，大量的记账凭证仍靠人工录入，表面上机制账、证、表的相互平衡，可能掩盖了人工录入的错漏，同时从不同系统入口录入到电脑，虽通过出纳系统实时地审核，但可能与凭证数据不同步；对于银行存款的收付业务，不仅数据难以实时同步，而且存在双方数据不一致的可能性。

2.
检查风险
(1)财务软件的更新换代，增加了历史文件难以提取的可能性。对账户或交易的重大实质性测试往往离不开企业的历史数据。由于软件版本的更新、平台的迁移，难以从往年账套里提取这些历史数据，迫使审计师不得不从浩如烟海的文档中收集整理历史数据。这不仅降低了审计效率，而且带来了更多的检查风险。
(2)内部控制主要依赖软件本身，增加了难以全面检查测试的可能性。在计算机系统下，内部控制融汇于财务软件之中，肉眼无法觉察，这就要求审计师有必要设计一些正常有效的业务数据和一些例外业务数据（不完整的、无效的、不合理的、不合逻辑的），来检查测试软件的控制能力。而很多审计软件目前还未达到这样的要求，审计软件在设计开发过程中由于本身的不完善等原因也会造成风险；审计软件与会计电算化软件之间的接口不完全一致，数据不能完全导出，这也给审计人员的检查带来一定的风险。

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