（一）开征污染税
污染税指为了减少利用环境所带来的负外部性，国家对有关单位和个人的污染行为无偿征收的一种行为目的税：
1、税目的设计。由于目前我国主要的环境污染有大气污染、水污染、固体废弃物污染、垃圾污染和噪音污染，其中大气污染仍以煤烟型为主，主要污染物为总悬浮颗粒物和二氧化硫。所以污染税的税目可以包括：总悬浮颗粒物、二氧化硫、工业废水、固体废弃物、生活垃圾、噪音等。
2、纳税人设计。从理论上讲，为了保护环境，抑制或减少污染物的排放，污染税就必须把所有有排放污染物行为的单位和个人作为纳税人，以直接体现“污染者付费原则”。但在实践中，纳税人的选择还必须充分考虑其它重要因素，如征收费用最少原则、税款是否便于控管等。因此，在设计纳税人时，有些税目可以将有排放污染物行为的单位和个人作为纳税人，有些则可以将使用危害环境产品的单位和个人作为纳税人。
3、税基的设计。从理论上讲，污染税的税基有三种选择：第一，以污染物的排放量作为该税税基；第二，以污染性单位的产量作为该税的税基；第三，以生产要素或消费品所包含的污染物数量作为该税的税基。在这三种选择中，由于以污染物排放量作为污染税税基具有能直接刺激企业通过自主选择增加防治污染的设备或改进生产工艺过程来减少废物排放和技术测量便利、成本较低等优点，通常为世界各国首选。
4、税率的设计。污染税的税率应当是累进税率，按照有关排污技术标准确定一个基数，排污标准在基数之内适用基本税率，超过基数的部分适用较高税率，从而使纳税人采取措施减少污染，少发生对环境不利的行为。同时，污染税应实行差别税率。环境问题极其复杂，各地区环境差异很大，为了体现税收政策的灵活性，税率不应过度统一，应根据气候条件、人口密度以及对环境清洁的需求程度确定具体的税率。
5、征管的设计。由于防治污染、保护环境需要中央和地方的共同合作，因此污染税应作为中央和地方共享税，但是地方的分享比例应该更高一些。因为就环境污染行为分析，纳税人排放废气、废水、固体废物或噪音对环境形成的污染，主要是在一定区域内发生的。治理环境污染，维护生态平衡，具有“地方公共物品”特征。地方政府可以用较多的税收收入用于几个方面：一是生态环境的清理和恢复；二是作为开发污染防治技术的科学研究经费；三是作为生态环保奖励；四是作为征收污染税的业务建设支出。
（二）实行费改税
为了更好地治理污染、保护环境，有必要对排污收费制度进行“费改税”的改革，使其适应市场经济和可持续发展的要求。具体的改革措施是：将排污收费改为排污收税后并入新开征的污染税；排污收费项目并入相应的污染税税目，即排放气体污染物的项目分类并入总悬浮颗粒物、二氧化硫税目；排放液体污染物的项目并入工业废水税目；排放固体污染物的项目并入固体废弃物税目，等等。除此以外，我国目前仍存在许多资源收费，而且收费标准不一、收费制度混乱，这都不利于保护自然资源，因此有必要实行“费改税”，将各类资源性收费如矿产资源管理费、林业补偿费、育林基金、林政保护费、水资源费、渔业资源费、电力基金等并入资源税。
（三）改革现行资源税
如前文所述，目前的资源税在设计上也存在问题，为了使其切实做到保护自然资源和自然环境，应该对我国资源税进行必要的改革。首先是扩大征税范围，对一些可再生资源也要征收资源税。其次是改革税率，一方面将定额税率改为比例税率，即将资源税由从量税改革为从价税；另一方面继续提高税率。这样资源税和资源价格直接挂钩，通过价格机制反映出资源的稀缺性，促使企业主动节能降耗。
（四）增加税收优惠
1、增值税方面：为了增强企业投资环保设备的积极性，引导并鼓励企业加大固定资产投入，加速更新设备，加大环保投入。全国化工、纺织等企业，允许购置的消烟除尘、处理三废等方面的环境保护设备，应抵扣增值税进项税额。
2、企业所得税方面：加大对企业治理污染的扶持力度，对企业治理污染的固定资产投资可采用加速折旧、延期纳税等优惠措施；对企业采用先进环保技术、改进环保设备、改革工艺、调整产品结构所发生的投资，应给予税收抵免等优惠政策。
（五）健全配套措施，确保多方面配合
尽管税务部门是我国环保税收政策的主要执行机关，但是要使相关政策在实践中得到有效的实施，使其发挥应有的功能，还需要其它部门的配合。
1、与环保部门的配合。环保税收制度是一类技术性很强的税收制度，在征税对象、计税依据和税率的确定等方面，都有不同于其它税类的特殊性。在环保税收实施的过程中，污染物和废弃物的排放量和排放浓度等都必须由环保部门进行持续、准确的测量。鉴于此，一些研究税收的学者认为，环保税收征收成本较大，主要是监测费用等问题。而事实上，利用各级环境监测部门日常的污染源监测能力可以解决这个问题。因此，税务部门与环保部门的密切配合是环保税收顺利征管的前提条件。
2、与财政部门的配合。财政部门应负责环保税收收入的支出和管理。在支出方面，要保证环保税收资金用于生态破坏的补偿和环境保护，对环境投资项目诸如城市废水和垃圾处理厂之类现代化环保企业，要加大财政支持力度，在制定财政政策时应当更多地体现环境保护的需要；在管理方面，要规范和完善环保资金的申报、审批、拨付、使用和监督，不断提高资金的使用效益。
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