不可以

劳务报酬收入中有发生交通费，不能扣除交通费以后，再计算个人所得税，应该直接以劳务收入计算个人所得税。

劳务费，即个人所得税中的劳务报酬是指个人独立从事各种非雇佣的各种劳务所取得的所得，它与工资薪金所得的区别在于劳务报酬是独立个人从事自由职业取得的所得，而工资薪金所得属于非独立个人劳务活动，即在机关和企事业单位中任职、受雇而得到的报酬，存在雇佣与被雇佣关系。

个人取得的劳务报酬收入，应当交纳个人所得税。应交税款=（劳务报酬收入-费用扣除额）*税率，根据题中情况，相关的费用扣除额和适用税率为800元和20%

可以扣除。用人单位与劳动者签订劳动合同时，明确约定了交通费由劳动者自己负担，该约定属于双方自己的真实意思表示，不违反法律规定，符合法律规定，双方应当按照合同约定履行，即扣除交通费不违反劳动合同约定，也不违反法律规定。

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