年薪1000000元若已扣除当年社会保险费用，应缴纳个人所得税269240元。
根据个人所得税的计算方法是：个人所得税税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数。所以一年为12个月，应交个人所得税=（1000000-3500x12）x35%-5505x12=269240元。其中需要注意的计算单位是以下几点：
1. 个人所得税的免征额是3500元，按年收入计算则总免征额为3500x12=42000元；

2. 社会保险费用不需缴纳个人所得税，所以一年的应纳税所得额=个人年收入所得额（扣除社保费用后）-一年免征额=个人所得额（扣除社保费用后）-42000；
3. 因平均月收入1000000/12约为83333元，月均应纳税所得额=83333-3500=79833，所以适用税率为35%，速算扣除数是5505。依据为适用税率和速算扣除数需要根据应纳税所得额的范围选择：
4. 应纳税所得额不超过1500元的税率是3%，速算扣除数为0；
5. 超过1500元但不超过4500元的税率是10%，速算扣除数为105；
6. 超过4500元但不超过9000元的税率是20%。速算扣除数为555；
7. 超过9000元但不超过35000元的税率是25%，速算扣除数为1005；
8. 超过35000元但不超过55000元的税率是30%，速算扣除数为2755；
9. 超过55000元但不超过80000元的税率是35%，速算扣除数为5505；
10. 超过80000元的税率是45%，速算扣除数为13505。

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