应选择方案二：将芦笋种植加工企业建成非独立核算的分公司。
合理筹划企业纳税主要是对所得税进行筹划，流转税（增值税）没有筹划余地，也不可能筹划。鉴于税务筹划主要是所得税筹划，本案例只考虑所得税问题即可。
由于分公司不具有独立法人资格，其销售、成本与纳税均由母公司（深圳新营养技术生产公司）完成，母公司可以享受高新技术企业待遇，所得税率15%，所以方案二是最佳选择。
同时，内地的H子公司也可将其产品转至母公司销售、核算与纳税，可以相互抵消增值税和产生的联方交易，所得税可以节约10%。
总之，可以将深圳新营养技术生产公司旗下的子公司和分公司作为生产中心，总公司作为利润中心，这样可节约纳税成本。

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