购进农产品进项税的扣除规定是：

1、一般纳税人开具的增值税专用发票，购进企业可以按规定进行抵扣，即可以按照票面注明的税额抵扣；

2、海关进口增值税专用缴款书。企业购进进口原辅材料的，可以按海关进口增值税专用缴款书注明的税额进行抵扣；

3、向农业生产者购进的自产农产品，可以凭农副产品收购发票或自产农副产品销售发票抵扣进项税额。

可以开具农产品免税发票有什么情形

1、农业生产者销售的自产农产品；

2、农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品；

3、采取“公司+农户”经营模式销售畜禽；

4、制种企业在定点生产经营模式下生产销售种子；

5、对从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜；

6、从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品。

法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》第三条

税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。

任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。第四条法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。

法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。

纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。第五条国务院税务主管部门主管全国税收征收管理工作。各地国家税务局和地方税务局应当按照国务院规定的税收征收管理范围分别进行征收管理。

地方各级人民政府应当依法加强对本行政区域内税收征收管理工作的领导或者协调，支持税务机关依法执行职务，依照法定税率计算税额，依法征收税款。

各有关部门和单位应当支持、协助税务机关依法执行职务。

税务机关依法执行职务，任何单位和个人不得阻挠。

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