首先要区分你是一般纳税人还是小规模纳税人，货代是可以继续实行差额征税的，但是天津有个更多的限制，有些费用可以作为差额征税扣除，有些不可以，具体的还要根据当地税务要求确定

一般纳税人提供应税服务，试点期间按照营业税改征增值税有关规定允许从销售额中扣除其支付给非试点纳税人价款的，应在“应交税费——应交增值税”科目下增设“营改增抵减的销项税额”专栏，用于记录该企业因按规定扣减销售额而减少的销项税额；同时，“主营业务收入”、“主营业务成本”等相关科目应按经营业务的种类进行明细核算。
企业接受应税服务时，按规定允许扣减销售额而减少的销项税额，借记“应交税费——应交增值税（营改增抵减的销项税额）”科目，按实际支付或应付的金额与上述增值税额的差额，借记“主营业务成本”等科目，按实际支付或应付的金额，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。
对于期末一次性进行账务处理的企业，期末，按规定当期允许扣减销售额而减少的销项税额，借记“应交税费——应交增值税（营改增抵减的销项税额）”科目，贷记“主营业务成本”等科目。
【案例】某A试点物流企业2013年9月为生产企业甲公司提供运输服务，甲公司支付A公司1110万元（含税）。A公司将承揽甲公司的省外段的运输业务分包给非试点地区货物运输企业B公司，按联运协议A公司支付B公司500万元运输费用，取得B公司开出的运输票。
A公司差额纳税会计处理如下：
Ⅰ.A公司为甲公司提供应税服务
借：应收账款——甲公司 11100000
贷：主营业务收入 10000000
应交税金——应交增值税（销项税额） 1100000
Ⅱ.A公司接受B公司提供的分段运输服务
借：主营业务成本 4504504.50
应交税金——应交增值税（营改增抵减的销项税额）495495.50
贷：应付账款——B公司 5000000

小规模纳税人的会计处理
小规模纳税人提供应税服务，试点期间按照营业税改征增值税有关规定允许从销售额中扣除其支付给非试点纳税人价款的，按规定扣减销售额而减少的应交增值税应直接冲减“应交税费——应交增值税”科目。
企业接受应税服务时，按规定允许扣减销售额而减少的应交增值税，借记“应交税费——应交增值税”科目，按实际支付或应付的金额与上述增值税额的差额，借记“主营业务成本”等科目，按实际支付或应付的金额，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。
对于期末一次性进行账务处理的企业，期末，按规定当期允许扣减销售额而减少的应交增值税，借记“应交税费——应交增值税”科目，贷记“主营业务成本”等科目。
【案例】
无锡某国际货运代理企业D公司（小规模纳税人）2012年7月为生产企业甲公司提供国际货物代理服务，甲公司支付给D公司代理费5万元，同时D公司支付试点地区E公司运输费用1万元，取得运输票。
D公司差额纳税会计处理如下：
Ⅰ.D公司为甲公司提供应税服务
借：银行存款 50000.00
贷：主营业务收入 48543.69
应交税金——应交增值税 1456.31
Ⅱ.D公司接受E公司提供的服务
借：主营业务成本 9708.74
应交税金——应交增值税 291.26
贷：应付账款——E公司 10000.00

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